Bien, supongo que para conseguir la descarga correcta de vídeos de youtube deben haber muchas formas, en mi caso yo utilizo Jdownloader.
La utilización de este programa es muy fácil, se tiene que instalar, ejecutar la aplicación y una vez en marcha (en mi caso aprieto play) solo tengo que copiar la ruta de la pagina del video a descargar y el programa localiza el video en todas sus versiones y las descarga.